东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积 40 公顷 ，全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及部分后勤设施所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地。原校本区的旧校门枣红门所在地，原为江户时代藩主迎接家庭成员的地方，大门被漆成朱红色。后经东京大地震和二次大战的破坏， 1949 年被国家定为重点文物。 1991 年重新修缮一新，十分有气派，现红门成为东京大学的代名词。
东京大学是所历史悠久的著名大学，它保持着传统大学的特征：多学院、多学科。目前全校的学科差不多全是老学科，办学水平很高，几乎所有学科均能授予硕士 和 博士学位。对新建学科和教学上的改革持慎重的态度，他们认为必须保持学校的一贯传统，不要人云亦云，方能办出高质量和自己的特色。“以质取胜”，“以质取量”是东大的办学目标，全校教职员工是这样认为的：保持学校的稳定和学术上的高水平是维系学校尊严和荣誉所不可缺少的。
因此他们在培养人才方面着眼于高质量，为达到这个目标，他们采取了一些措施：为控制学校规模，不宜把学校办得过大，以维持学校运转的高效率，目前一直把本科学生人数控制在 15000 人左右；强调大学在搞好教学同时，开展科学研究，多出世界前沿的学术成果；精心选择，建设一支高质量的教授队伍；教学上强调基础知识教育，规定 4 年制大学生必须有两年时间在教养学部学习共同必修基础课和一部分专业基础课；建立导师带研究生制度，对研究生严格要求，同时充满爱心，悉心指导等等。
