万木草堂原为邱氏书院,为三间三进、两天井、硬山顶的青砖祠堂式建筑,面积663平方米。中法战争后,康有为为了推行其维新变法主张,于1891年在此设万木草堂,聚徒讲学,宣传改良主义思想,开展政治活动。
1983年8月广州市人民政府公布为重点文物保护单位。