湖北黄梅五祖禅寺建于唐永徽五年（654），是中国禅宗第五代祖师弘忍的道场，也是六祖慧能得法受衣钵之圣地，被御赐为“天下祖庭”。
弘忍大师初时建寺于东山之上，故初名为东山寺，亦称东山禅寺，简称东禅寺。唐大中二年（848），宣宗敕建五祖祖师寺院，并改赐寺额为大中东山寺，亦曰五祖寺。宋景德中（1004-1007），真宗改赐寺额为真慧禅寺。英宗于治平年间（1064--1067）御书“天下祖庭”，徽宗于崇宁元年（1102）御书“天下禅林”赐给五祖寺。
元至顺二年（1331）文宗改赐寺额曰东山五祖寺，简称五祖寺，此名一直沿用至今。
弘忍大师在东山开辟道场后，广开法门，接引群品。轰动全国，吸引四方学者，常住门徒多达千余人。武则天立周即位后，提倡佛教。久视元年（700），请弘忍授法弟子神秀、玄约、慧安等赴内道场供养，并赐为国师。这样一来，弘忍的声誉愈高，五祖寺的声望也越大。后来，五祖寺在李唐诸帝的支持下，继续兴盛，从未衰败。
宋代，五祖寺继续得到扩建和发展。北宋真宗至南宋高宗期间，师戒、法演、表自、宗拔等名师任五祖寺方丈，相继大兴宝刹，修建殿宇佛塔。特别是法演住山时，大兴祖庭，大振宗风。其法裔弟子中，佛果克勤、佛鉴慧勤、佛眼清远三人，时称“三杰”，亦称“三佛”，精励自持，广扬佛法，禅风大盛，使五祖寺的名声更加震动天下。
宋末后东山毁于战火，一时冷落萧条。直到元十九年（1282）了行禅师再入东山，扫寺故基，重兴土木。皇庆二年（1313）三韩万奇上人从渖王请，奉弘忍肉身还东山。至治二年（1322），法式禅师精励自持，作大殿，奉祖师；作经阁，藏经卷；梵刹佛像俨然一新，金碧辉煌，使一时趋于衰微的五祖寺俨然中兴。后来五祖寺几经劫火，又多次重修。
建国后，国家对殿堂、碑刻、古迹等加以妥善保护，八十年代政府又拨款彻底翻修真身殿、祖师堂、天王殿。
如今的五祖寺在方丈昌明大和尚、监院见忍法师的带领下作出了全面修复计划，寺院经过几年修复，完成了大雄宝殿、客堂、禅堂、新僧寮等建设，并采用了电脑管理系统进行管理，面貌以涣然一新。现正着手筹建钟鼓楼、罗汉堂、玉佛殿等寺院园林建设，在不久的将来，五祖禅寺会以一个崭新的面貌展现在人们面前。
