主教堂是耶稣中学建筑体的第四栋，同时也是最后一栋建筑物，于18世纪兴建，教堂屋顶呈现耶稣会的图徽。教堂有二座钟楼，里面供奉圣福兰西斯哥·夏维尔、圣福兰西斯哥·基·波尔嘉和圣伊纳修·罗尤拉的圣像。主教堂还带有巴洛克风格的葡萄牙建筑线条，门面使用里欧石，和圣福兰西斯哥教堂一样，内部亦呈金雕细缕。教堂内镶金，意味着“再多的财富还是比不上天国的财富”，并强调葡萄牙教堂一定得是一座“金色教堂”。
巴西第三位总督门基沙葬在主教堂内，还有口才绝佳的安东尼·维拉神父，也在主教堂内渡过余生。为记录这些历史，教堂内设有一间宗教博物馆，馆藏包括一尊1986年制的萨尔瓦多保护神圣福兰西斯哥·夏维尔的雕像，以及地下室的一组耶稣降世图。
