台湾清华大学建于新竹赤土崎，离台北不到百公里，占地1300亩。1956年招考原子科学研究所首届研究生时，虽有学校的建制，但无学校的影子，录取的21名学生只能暂时借台大上课。直到第二年秋季，首批校舍完工，才开始在新竹上课。所以整体说来，台湾清华是从原子科学研究所起步，慢慢发展壮大，逐渐成为理工大学，进而扩大到人文科学领域。如今，学校设有7个学院、17个学系和18个独立研究所，是台湾数一数二的大学。有趣的是，学校的校史介绍还是从北京清华大学开始算起，校训为“自强不息，厚德载物”，印象中与北京清华大学是一样的。有台湾朋友介绍说，台湾清华出来的学生比较有人文气息。
一九四九年后，声誉卓著的国立清华大学被历史一分为二，至今一水之隔，两地相望。一九五五年十二月，台湾的清华大学在新竹展开工作，由一九四八年冬被中国国民党当局接往台湾的北京清华大学校长梅贻琦主持。先设立原子科学研究所招收研究生，一九五七年正式开始招收本科生。梅贻琦既担任过北京清华大学的校长，也是台湾的清华大学的创校校长。如今台湾的清华大学也已发展成与北京清华大学相同的理工科、文科综合性名牌大学。
原台湾清华大学校长刘炯朗教授接受本社《新闻周刊》访问时曾介绍，新竹清华有八千多个学生，北京清华有二万二千多个学生。新竹清华有五百余位教授，北京清华大概有二千多位教授，新竹清华校园有一百公顷，北京清华大概是三百六十公顷。两校规模大致上是三比一至四比一之间。
台湾的清华大学校园里的建筑都很新，没有北京清华大学古色古香的气息。然而足以印证它与北京清华本是同根生之处还是随处可见，在该校行政大楼的前面矗立有一座“清华园”门楼，看过两校校门的人都会觉得似曾相识，因为它与北京的那座一模一样，只是尺寸缩小了一些。在综合服务大楼外墙上镶着的：“自强不息，厚德载物。”八个大字，正是两岸清华共同的校训。“清华园”里有山有水，从山顶的相思湖到山下的昆明湖、成功湖，好几个湖之间都有小溪相通，流水潺潺，荷花飘香。时常有鹭鸶在湖面掠过，令人很容易就联想起朱自清先生《荷塘月色》所写的情景。而那“西山苍苍，东海茫茫，我校庄严，巍然中央！”的校歌，也是两岸清华学生时常同唱的。在台湾的清华大学校园里还有一个梅园，内有梅贻琦的墓园，梅先生一九六二年五月在清华大学校长的任上病逝，当年十一月即入葬梅园。园中一直种满了梅花。看墓碑的碑铭，可知是由梅先生的老友，曾任北京大学校长的蒋梦麟所撰。
梅贻琦有一句名言，叫做：“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。”北京的清华大学是中国大陆最负盛名的大学，九十多年来人才辈出，台湾的清华大学建校不到五十年，却已培养出一位诺贝尔奖得主，这些想必都与梅先生这位两岸清华的承传者的办学理念密切相关。
原台湾清华大学校长沈君山曾说过，确实有人曾提议过给台湾的清华大学改一个名字，如在现校名上添加台湾或国际，但因为遭大多数校友反对而作罢。
