南京市云锦研究所的前身为1954年成立的“云锦研究工作组”，我国著名的工艺美术专家陈之佛教授担任研究工作组组长。这是新中国建国初期最早的工艺美术研究机构之一。
1956年10月，周恩来总理亲自指示：“一定要南京的同志把云锦工艺继承下来，发扬光大。”1957年，经江苏省政府批准建立了“南京市云锦研究所”，这也是新中国第一家工艺美术类研究所由南京市手工业局（市二轻局前身）领导，南京市文化局业务指导。从此，南京市云锦研究所作为全国唯一的云锦专业研究机构，承担着云锦继承和保护的历史重任。
1973年，研究所扩充了近百人的年轻队伍，建立了试验工厂。为了抢救开发我国各民族的民间织锦，1982年国家轻工部，拨专款决定在云锦研究所基础上建立“中国织锦工艺研究生产实验中心”，成立了在中国工艺美术学会领导下的织锦专业委员会，研究所为主任委员单位和学会所在地，同时在所内筹建了《中国织锦工艺陈列馆》，使研究所成为全国织锦行业中心。在国家文物局的领导和支持下，研究所于1986年成为文物局古代丝绸文物复制研究试验基地。
1994年和市旅游局合作筹建了《中华织锦村》，使我国各民族的织锦工艺得以完整的保护并以实物、实景的形式展现在世人的眼前。
40多年来，云锦研究所经过几代科研人员不懈的努力，搜集、保藏了可供展示的专业实物资料970件（其中相当一部分是重要的历史文物），云锦图稿资料2000余份（包括过去官办织造局留下的“汉府稿”），专业图书资料58000余册（本）。
中华织锦村有四层计1500平方米用作展示陈列。一层是云锦生产工艺展示大厅，有13台多品种云锦大花楼木织机生产展示。二层是历代丝绸文物复制精品和云锦妆花各类花色品种的展示，时间跨度从战国到明清至现代。既有宫廷的，也有民间的；既有匹料，又有衣冠等实物。三层是中华织锦村，展示中国少数民族的各种织锦机具和实物，以及民族服饰、生活用品等。四层为云锦服饰及少数民族服饰展示大厅。
云锦研究所目前拥有各类专业技术人员60多人，其中具有高级职称的8人，中级职称的5人，初级职称的43人，具有很强的开发能力和研究复制能力。
1998年，云锦研究所被南京市委、市政府命名为爱国主义教育基地，2001年6月，又被省政府命名为江苏省爱国主义教育基地。从而使南京云锦这个具有独特文化内涵和古代科技知识的民族文化遗产在社会主义精神文明建设中发挥出它应有的作用。
