上密院：位于拉萨小昭寺旁，占地面积约2万平方米，包括小昭寺前左右两边的两层楼房和东边拉萨二中占用的当年的习经场。上密院，藏语称“局堆扎仓”，是上部地区的密教承传之所，属藏传佛教格鲁派密院最高学府之一。
上密院始于1485年（藏历第八绕迥之木索年），因该年拉萨河上游洪水泛滥危及拉萨市民，后得当时德高望重的密宗法师杰·贡嘎顿珠前来吉曲河边祈祷治水，经他虔心念经祈愿后，第二天洪水下降了，免除了拉萨一次大水灾。当时帕竹地方政权（创建人为司徒·绛曲坚赞）的萨温·达隆巴为奖励其治水之或，颁发封文执照，并将小昭寺封赐给他作为修行之所。因他原在拉萨河上游的卫堆穷木达的塞哇垄山洞中（今墨竹工卡县境内）习修弘传密教，得小昭寺后以该寺为其弘传密法的基地，故更名“上密院”。
杰·贡嘎顿珠出生于1419年（藏历第七绕迥之土猪年），家住后藏乃宁地方。幼年到纳塘寺随杰·贡巴顿珠出家受沙弥戒（即三十六戒），研习《释量论》（即罗辑学）并游学到拉萨哲蚌根培林（即哲蚌寺后山“根培日措”）听杰·喜饶僧格（宗喀巴的密巴宗继承者）和堪钦白洛讲经传法，后进入下密院修习密法。1464年因与下密院不睦，而带其六名徒弟到卫堆穷木达的塞哇垄山洞静修密宗教法，成就甚著并开始弘传。扣于1485年以密汉及祈祷制止了拉萨大水灾。1487年2月圆寂，享年68岁。杰·贡嘎顿珠生前嘱咐：“我死后将我的心脏和舌头为新造佛像装藏，脑袋骨作为供器。”后来弟子们遵照所嘱将心脏和舌头装入一尊新制金佛像腹内，一直供奉在上密院内；脑袋骨作为供水碗放在直贡拉孜衮萨寺内。
上密院规定僧员500人，定编5个康村，设堪布1人，统管全寺政、教事条，处理寺内外一切重大事宜；设喇嘛翁则1人，专管宗教活动，领导寺僧学修密法；格贵1人，总管教规定寺规的行执行；强佐6人，分管地属庄园及僧众的生活供应。除强佐外，堪布、翁则、格贵均必须由拉萨三大寺取得“格西拉让巴”学位的学者担任，其任免必经达赖或摄政王审批。该寺有“文革”时期被破坏，后由政府拨款修复，现有六十多名僧人从事密宗教法的习修。
下密院：位于拉萨幸福路北面，东与墨如寺相连。占地面积为2100平方米（10.6庙）。下密院，藏语称“举麦扎仓”，是下部地区弘传密法之所，属藏传佛教格鲁派密院最高学府之一。
下密院始建于1433年（藏历第七绕迥之水牛年），距今约五百七十年。系宗喀巴八大弟子（即：号称为绛噶哇大师的嘉祥曲桑、上座桑炯瓦、上府仁钦坚赞、上府强僧哇、垛丹·健白嘉措、格西喜饶扎、杰尊·喜饶僧格、格西白炯瓦）中的第七位杰尊·吉饶僧格所创建。杰尊·喜绕僧格生于1382年（藏历第六绕迥之水狗年），出生于后藏古尔玛地方。父名丹巴玛波，母名曲古扎西。幼年入纳塘寺依珠巴·吉绕堪钦为师受沙弥戒，研习各派教法，其中对香巴噶举教法造诣最深。1401年游学各地，来到前藏在色拉曲顶听宗喀巴讲授显密教法，深得精要。1419年（藏历第七绕迥之土狗年）秋，宗喀巴为哲蚌寺阿扎仓大威德金刚本尊开光后到色拉曲顶讲授密法。法会上宗喀巴大师对众弟子再三谕以：“吾之密法谁能继承弘扬之？”而无人敢承受。这时，杰尊·喜绕僧格起立恭答：“大师的密法，弟子能继承发扬！”宗喀巴甚悦，当即赐以各种密宗法器、经籍，并勉其勤奋弘扬，利益“有情”（即有生命的所有生灵）。杰尊·喜饶僧格遵照宗喀巴旨意先在桑布通蒙扎仓（即山南的那绕达布扎仓）为基地弘传密法，后于1426年与师兄根敦珠巴结伴到后藏弘传讲演显宗各部精要后而返前藏，并在1433年在拉萨兴建密宗院，后由其弟子杰·贡嘎顿珠在拉萨河上游一带弘传所授密法，在小昭寺建立了上部密宗院，因喜饶僧格的密宗始于拉萨，故称为“下密院”。1445年圆寂，享年63岁。
下密院主要建筑包括经堂、佛殿、辩经场、印经房等。其中无论建筑规模和艺术价值都以主殿为最。主殿设在密院中央，坐北朝南，高四层，有房屋七十余间。底层南部为大经堂，北部为佛殿，中有5门相通。经堂占地面积882平方米，开间较大，有柱48根，正中4柱直通二三层承托高敞天窗，可容五百余名僧人诵经；四壁遍绘壁画，内容多为格鲁派故事。东侧室房内有柱12根，供有泥塑佛像3尊。经堂大门两有巨大幅护法神壁画6幅。佛殿面积为415平方米，西有厢廊。殿内主供宗喀巴大师三徒泥塑彩绘像，高约10米；左右为护法神殿，高约10米；左右为护法神殿，供有护法神像。主殿二层平面呈“冂”形，北端殿堂内供有无量寿佛和观音菩萨泥塑像，余皆为佃舍；主殿三层亦为僧舍；主殿四层为达赖住所，面积较小，仅有1柱。在主殿西边有一辩经场，中为露天场地，周围是回廊建筑，其南与印经房相通。主殿正前方43米处原为密院大门，40米处为二门，两门左右都是东西排列的僧舍，现已拆除新建。
下密院规定僧额为500人，编有5个康村，设堪布1人、喇嘛翁则1人，都是任期三年；强佐4人，任期四年；格贵1人，任期一年。上述僧职均须报请达赖或摄政审查任免，其职责与上密院相同。该寺在“十年动乱”中惨遭破坏，十一届三中全会以后政府拨款修复，现有寺僧五十余人从事密教的修学。
上密院和下密院的僧人，按当时的规定只有在拉萨三大寺显宗扎仓修习毕的人才有资格进入。虽然哲蚌、色拉两寺亦有密宗扎仓，但都属于低级阶段，上密院和下密院属于高级阶段。上、下密院在组织上与甘丹寺的关系是平行的。其僧员来源有两种：一是在三大寺考取格西的僧人，称为“佐仁巴”；二是具有三大寺僧籍和少数来自其他寺庙的附读僧人，称为“吉仁巴”。这两种寺庙的附读僧人，称为“吉仁巴”。这两种僧人统称“喇嘛举巴”（藏文意为“上师密宗院”），但惟有佐仁巴才是喇嘛举巴的正宗。
上密院的下密院的僧规制度以严格著称。在生活待遇上，对佐仁巴和吉仁巴一视同仁，就是有活佛身份的僧人也不例外。其修行方法带有苦行僧与行脚僧的特色，生活很苦，制度极严：午夜上殿时一律光脚；法园读经，每人在树下挖一地坑，坑内铺上石子，人坐其上，无论风霜雨雪都留在露天，不得间断；遵行僧人非时食戒，过午不食；夜间集体睡在大殿上。僧人外出游居，每年按规定日程到达指定地点，修甘一种法，年年如此，周而复始；外出时要列队集体行动，自负行李，除堪布可骑马外，一律步行，风雨无阻。外出游居规定佐仁巴一年、吉仁巴九年；游居地点近则在拉萨布达拉宫、大昭寺、哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺等，远则在100公里以外。
上密院和下密院修习内容主要为集密、胜乐、大威德三金刚以及其他次要的金刚和护法密法。这些神有牛头兽面之神，有男女双身之神，这正是喇嘛寺庙与一般佛教明显不同的地方。密法的经咒、灌顶、坛场、仪轨等，名目繁多，神秘莫测。
上密院和下密院是一个无规定年限的修习单位。修习僧人可随时退学，亦可在此终老一生。可是对佐会巴中之具备拉让巴学位的僧人，可以按照年资侯缺升任扎仓的执事，这是一条在经院组织中登峰造极的道路。
上密院和下密院的扎仓组织与一般的扎仓组织大体相同。但扎仓的重要执事，从格贵以上必须由拉让巴学员升任。格贵期满，而后按照年资候缺升喇嘛翁则。翁则任满，再按照年资侯缺各堪布。堪布任期三年，任满退职，名为“堪苏”。凡上密院的堪苏，可按照年资候缺升补复孜却杰（法台）；下密院的堪苏，则按照年资候缺升绛孜却杰（法台）。夏孜、绛孜（意为东峰、北峰）是甘丹寺的两大扎仓，却杰意为法尊，这两名法尊可轮流递补甘丹寺的首席即“甘丹赤巴”，成为格鲁派创始人宗喀巴法座的继承人。担任了甘丹赤巴后，再遵循由显而密成为活佛，可以从此围世。甘丹赤巴任期七年，任满后名为“赤苏”，即卸任赤巴。无论在职期间或任满退职后，都有资格成为代替达赖，掌办西藏地方政务的候选人之一。
