国清寺的历史与如东掘港的成陆几乎相等。唐朝初年，一道捍海围堤把掘港与海滩分开，国清寺便带着人们对太平盛世的期盼应运而建。掘港国清寺是在唐朝宗宪年代建起来的，来建的和尚名叫行满，是天台山国清寺的第十年祖师，所以掘港的国清寺和天台山的国清寺是一个名字，原来的结构方式也是一个模式。行满法师在建筑佛寺时，曾有"寺若成，国即清"之说，然而，这座在历史长河中跌宕起伏千年的古刹，并没有象行满法师所期望的清净太平。
从唐到宋元，国清寺饱受战火之乱，至明清虽然多次重修，但仍在上世纪六十年代被夷为平地。现在的国清寺是从1991年由如东县、南通市两级政府批准，准予落实宗教政策开始筹建，到现在己有15年了。
国清大殿内供奉的是三世佛：释家牟尼居中，右尊为西方极乐世界的阿弥陀佛，左尊为东方琉璃世界的琉璃光佛。药师佛救死扶伤，阿弥陀佛接引众生，与其它寺院中释家牟尼两侧侍者是阿难和迦叶有所不同。国清寺最珍贵的当属念佛堂供奉的白玉千手观音。这尊缅甸国赠送的玉观音由一块整体的缅甸玉石雕刻而成，玉质细腻，高三点八米，重四吨。这样造型的玉观音在全国也是罕见的。睡下来的释家牟尼佛、卧佛那种玉佛很多，象国清寺这种千手观音玉佛，是唯独少见的，可以说在全国国清寺是第一尊。
古寺还是中日友好的见证。唐开成年间，日本高僧圆仁随第13批遣唐使西渡求法，来到掘港国清寺，住宿寺内半月有余。圆仁后来所写的《入唐求法巡礼行记》中，对掘港国清寺有详细记述。在世界旅游文化宝库里，圆仁的《入唐求法巡礼行记》，与我国唐玄奘的《大唐西域记》、意大利旅行家马可.波罗的《东方见闻录》被列为"世界三大旅行游记"。《行记》的面世使"掘港"、如东"国清寺"在历史典籍中首次亮相，也成为中日文化交流的一段佳话。
近年来，国清寺还接待了不少国外游客，其中包括一些来南通投资兴业的客商。这几年来香火都比较旺盛，各方游客络绎不绝，其中包括接待美国、日本、香港、台湾等国家和地区的游客。
